F1. GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDIES SUGGESTED ASSOCIATION BETWEEN DGKB AND ANTIPSYCHOTIC INDUCED WEIGHT GAIN IN EUROPEANS AND AFRICAN AMERICANS
Notice bibliographique
Résumé
Schizophrenia (SCZ) is a severe, devastating disorder with a life-time prevalence of 1% irrespective of gender or ethnic group, treated primarily with antipsychotic (AP) medications. Despite clinical efficacy of APs, they are associated with severe side effects including antipsychotic-induced weight gain (AIWG). We investigated n=201 schizophrenia or schizoaffective disorder patients of European and African American ancestry who were treated mostly with clozapine or olanzapine. Individuals were genotyped on the Infinium Omni2.5 BeadChip. We conducted genome-wide association analysis for AIWG defined primarily as the percentage of weight change from baseline. Additionally, we ran pathway, enrichment, network, and polygenic risk score analyses to investigate top genes using in silico methods. In the mixed sample, we observed genome-wide significant association between the diacylglycerol kinase beta (DGKB) variant (β=0.411; p=3.15 × 10–9) and percentage of weight change. The association remained nominally significant in both Europeans (β=0.271; p=0.002) and African Americans (β=0.579; p=5.73 × 10–5) for the same risk allele. In Europeans, the top variant (β=0.406; p=1.26 × 10–6) was located upstream of the Stanniocalcin 2 (STC2) gene. Bayesian fine mapping suggested the variant nearby SNP upstream of STC2 (p=0.034; PHRED=3.691, posterior prob.=0.496) to be the most significant. We noticed no significant enrichment in metabolic pathways for SNPs, but our top genes (p<5 × 10–5) were enriched in the GWAS catalog for risk of obesity (pmixed=0.018; pEuropeans=0.015) and schizophrenia (pmixed=0.006). Top genes also interacted with known risk factors for obesity (Glucose-6-Phosphate Dehydrogenase (G6PD)) and schizophrenia (NudE Neurodevelopment Protein 1 Like 1 (NDEL1)), and are targeted by microRNAs related to schizophrenia (mir-34a) and obesity (mir-19b). Polygenic risk score analyses did not provide support for major genetic overlap between obesity-related and lipid-associated SNPs and the risk of AIWG. Our findings suggested that a variant in DGKB is associated with the percentage of weight gain in both African Americans and Europeans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,054 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».