Genetic structure of potato breeding germplasm from Embrapa.
Notice bibliographique
Résumé
The potato (Solanum tuberosum L.) is one of the main staple food in the world.It is cultivated for direct consumption, as well as for processed food products.In potato breeding there is an ongoing challenge to search for cultivars that meet the needs from both markets.Thus, it is essential to potato breeding programs to explore efficiently the genetic variability found in the germplasm available to attend these demands.The objective of this work was to study the genetic structure present in the germplasm from the Embrapa work collection breeding program.One hundred and thirty-one genotypes were characterized with seven microsatellite (SSR) loci.This germplasm comprises cultivars and advanced clones from Brazilian breeding programs, as well as from others countries (Netherlands, Hungary, Argentina, Germany, United States, Peru, Ireland, Canada, India, Chile, France and Italy).In the molecular characterization a total of 28 alleles were identified.The average number of alleles per SSR locus was four, ranging from three to six.The analysis of principal coordinates, based on the dissimilarity matrix generated by the using Jaccard coefficient, showed the two first components explaining 17.03% of the total variation, respectively 10.54% and 6.49%.Although the dispersion of the 131 genotypes in the two first coordinates did not reveal clearly the formation of distinct groups, the cultivars released after 1990 by the Embrapa's potato breeding program were located in the lower portion of the graph, showing a tendency of isolation from the others genotypes.To verify if the genetic variability found in germplasm developed in Brazil is different from that of other countries, an analysis of molecular variance (AMOVA) was performed, which was not significant.It indicates that there is no subdivision in the potato germplasm that was analyzed according to its origin.Based on the results of this study, it can be concluded that although the germplasm of the Embrapa breeding program is not clearly subdivided, considering clustering of the recently released cultivars, there is a trend of narrowing the genetic base that is actually being used by the program.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».