Robustness of In Vitro Selection Assays of DNA-Encoded Peptidomimetic Ligands to CBX7 and CBX8
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The identification of protein ligands from a DNA-encoded library is commonly conducted by an affinity selection assay. These assays are often not validated for robustness, raising questions about selections that fail to identify ligands and the utility of enrichment values for ranking ligand potencies. Here, we report a method for optimizing and utilizing affinity selection assays to identify potent and selective peptidic ligands to the highly related chromodomains of CBX proteins. To optimize affinity selection parameters, statistical analyses (Z' factors) were used to define the ability of selection assay conditions to identify and differentiate ligands of varying affinity. A DNA-encoded positional scanning library of peptidomimetics was constructed around a trimethyllysine-containing parent peptide, and parallel selections against the chromodomains from CBX8 and CBX7 were conducted over three protein concentrations. Relative potencies of off-DNA hit molecules were determined through a fluorescence polarization assay and were consistent with enrichments observed by DNA sequencing of the affinity selection assays. In addition, novel peptide-based ligands were discovered with increased potency and selectivity to the chromodomain of CBX8. The results indicate low DNA tag bias and show that affinity-based in vitro selection assays are sufficiently robust for both ligand discovery and determination of quantitative structure-activity relationships.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle