QTL mapping uncovers a semi-dwarf 1 (<i>sdw1</i>) allele in the barley (<i>Hordeum vulgare</i>) ND23049 line
Notice bibliographique
Résumé
In barley, semi-dwarf varieties are attractive for their superior harvest index and lodging resistance, but many semi-dwarf barley genotypes suffer from poor spike emergence. We performed a genetic characterization of a semi-dwarf line (ND23049) that combines short stature, strong stiff culms, and adequate spike emergence. We developed a doubled haploid (DH) population derived by crossing ND23049 and the cultivar CLE253. A subset of 88 DH lines and parents were characterized for plant height in 2013 and 2014 and genotyped. In total, 1984 SNPs (345 unique loci) were used to produce a linkage map of 1127.1 cM. Three QTLs for plant height were detected in this population and coincided with the HvGA20ox2/Sdw1, HvBRI1/Uzu1, and HvPRR95 gene loci. The phenotypic variation explained by each QTL was 75.8%, 7.7%, and 4.1%, respectively, and jointly explained 83.3% (2013) and 87.7% (2014) of plant height. Our results suggest that ND23049 contributed the "short" allele at the HvGA20ox2/sdw1 locus while CLE253 provided "short" alleles at the HvBRI1/uzu1 and HvPRR95 loci. We identified a large deletion (at least 92.7 Kb), including HvGA20ox2 (Sdw1), as the causal mutation in ND23049. A set of tightly flanked SNP markers will help breeders to develop improved semi-dwarf varieties.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».