Interspecies DNA acquisition by a naturally competent <i>Acinetobacter baumannii</i> strain
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Acinetobacter baumannii is a human pathogen that frequently acquires antibiotic resistance genes leading to the emergence of multi-drug-resistant (MDR) strains. To investigate the role of transformation in the acquisition of resistance determinants by this species, the susceptible strain A118 was exposed to genomic DNA of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKp). Resistant transformants were obtained and an increase in the resistance level to all β-lactam antibiotics was observed. Whole genome analysis of transformant clones demonstrated the acquisition of CRKp DNA. The most frequently acquired genes correspond to mobile elements, antibiotic resistance genes, and operons involved in metabolism. Bioinformatic analyses and in silico gene flow prediction strengthen our findings, showing that a continuing exchange of genetic material between A. baumannii and K. pneumoniae occurs when they share the same niche. Our results reinforce the idea that natural transformation may play a key role in the increasing emergence of A. baumannii MDR. IMPORTANCE Since the characterization of antibiotic resistance in the late ‘50s, antibiotic resistance propagation was classically associated with horizontal gene transfer (HGT) mediated by plasmids bearing multiple resistance genes. Here we show that, at least in the human pathogen A. baumannii , transformation also plays a major role in the acquisition of antibiotic resistance determinants. This study unravels that at least for certain pathogens the propagation of resistance genes occurs by alternative HGT mechanisms which in the past have been unappreciated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».