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Enregistrement W2799321419 · doi:10.7939/r3891235d

Application of metabolomics to measure the Alberta “Foodome”

2017· article· en· W2799321419 sur OpenAlexaboutno aff
Shima Borzouie

Notice bibliographique

RevueUniversity of Alberta Library · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNutritional Studies and Diet
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMeasure (data warehouse)Computer scienceData mining

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Food is fundamental to life. It is the source of essentially all the chemical and biological components found in our bodies. Given its importance, there is a growing desire among food producers, consumers, nutritionists, and dieticians to have a better understanding of the precise chemical content of foods. Unfortunately, the chemical composition of most foods is not well known. Indeed, standard food composition tables only provide data on a few dozen highly abundant chemicals. However, recent advances in analytical chemistry technologies and in the field of metabolomics now make it possible to identify and quantify thousands of compounds in biological matrices. These developments suggest that it may be possible to use metabolomics to more completely characterize the chemical constituents in food. The central objectives of my thesis are: 1) to apply modern quantitative metabolomic methodsto identify and quantify the chemical constituents and micronutrients in a select number of Alberta-grown vegetables, fruits, cereals and meats; and 2) to create a fully web accessible database that contains bothexperimentally derived values and literature-derived information on Alberta-grown foods, called the “Alberta Food Composition Database” (AFCDB: http://afcdb.ca). In working towards Objective #1, a combination of several modern metabolomics techniques, including ICP-MS, DFI-MS/MS, GC-MS, HPLC, and NMR were used to characterize the chemical constituents of nearly 40 different, Alberta-grown food products. Sample preparation, extraction, and separation techniques were developed or optimized to characterize amino acids, fatty acids, trace metals, vitamins, organic acids, phytochemicals, sugars, and lipids. ICP-MS assays generated composition data for up to 54 metal ions. DFI-MS/MS assay yielded data on about 50-110 compounds per food sample, whilethe GC-MS- ii based assays generated data for about 30-75 non-volatile compounds, 20-40 volatile compounds, and up to 20 fatty acids for each food sample. NMR assays yielded data on 30-50 compounds per food sample. Detailed literature mining led to the identification of up to 2000 more compounds for certain food products. By completing this study, I believe I have helped create perhaps the most comprehensive food information resource in the world. Through the AFCDB, Alberta producers have access to some of the most detailed and information-rich data on the food products they produce. This work could lead toa paradigm shift for food-health labeling, making Alberta food products uniquely appealing for health conscious consumers.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,398
Score d'incertitude au seuil0,827

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,208
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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