Fine Mapping of Lobed‐Leaf Genes in Two <i>Brassica napus</i> Lines Using SLAF Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Plant ideotypes may be useful for increasing yield in Brassica napus L., and leaves play an important role in the development of ideotypes. Previously, we bred two lobed‐leaf B. napus lines, ll1 and ll2. In the present study, we report the fine mapping of lobed‐leaf genes in ll1 and ll2 and annotate their putative functions. We conduct specific‐locus amplified fragment sequencing (SLAF‐seq) to determine the candidate intervals. Crosses between two lobed‐leaf lines ll1 and ll2 and their corresponding wild types el1 and el2 were used to generate two sets of F1 and F2 populations. Genome‐wide comparison of single‐nucleotide polymorphism profiles between lobed‐ and entire‐leaf bulks identified ll1 and ll2 candidate intervals on ChrA10. Lobed‐leaf gene ll1 was located in two regions within genomic positions 16,055,155 to 16,158,378 (100 kb in size) and 16,651,387 to 17,120,610 (470 kb in size), whereas the ll2 gene was located within the genomic region of 16,767,957 to 17,024,885 (260 kb in size), which overlapped with the second region of ll1. These results suggest that the lobed‐leaf candidate genes for ll1 and ll2 are alleles. Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) analysis identified 139 genes and 49 genes in the associated regions of ll1 and ll2, respectively. Approximately 135 genes in ll1 and 49 genes in ll2 could be functionally annotated, with the majority playing important roles in the regulation of leaf margin and leaf growth. These studies provide useful information for constructing ideotypes and breeding high‐yielding B. napus hybrids.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».