A Taxonomic and Phylogenetic Investigation of Conifer Endophytes of Eastern Canada
Notice bibliographique
Résumé
Research interest in endophytic fungi has increased substantially, yet is the current research paradigm capable of addressing fundamental taxonomic questions?More than half of the ca.30,000 endophyte sequences accessioned into GenBank are unidentified to the family rank and this disparity grows every year.The problems with identifying endophytes are a lack of taxonomically informative morphological characters in vitro and a paucity of relevant DNA reference sequences.A study involving ca.2,600 Picea endophyte cultures from the Acadian Forest Region in Eastern Canada sought to address these taxonomic issues with a combined approach involving molecular methods, classical taxonomy, and field work.It was hypothesized that foliar endophytes have complex life histories involving saprotrophic reproductive stages associated with the host foliage, alternative host substrates, or alternate hosts.Based on inferences from phylogenetic data, new field collections or herbarium specimens were sought to connect unidentifiable endophytes with identifiable material.Approximately 40 endophytes were connected with identifiable material, which resulted in the description of four novel genera and 21 novel species and substantial progress in endophyte taxonomy.Endophytes were connected with saprotrophs and exhibited reproductive stages on non-foliar tissues or different hosts.These results provide support for the foraging ascomycete hypothesis, postulating that for some fungi endophytism is a secondary life history strategy that facilitates persistence and dispersal in the absence of a primary host.This thesis provides an alternate approach to identifying endophytes by considering the whole fungus interacting within its natural habitat.iii
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».