Genotyping and Whole-Genome Sequencing to Identify Tuberculosis Transmission to Pediatric Patients in British Columbia, Canada, 2005–2014
Notice bibliographique
Résumé
Background: Tuberculosis (TB) in children is often an indicator of recent transmission. Genotyping and whole-genome sequencing (WGS) can enhance pediatric TB investigations by confirming or refuting transmission events. Methods: Mycobacterium tuberculosis isolates from all pediatric patients <18 years with culture-confirmed TB in British Columbia (BC) from 2005 to 2014 (n = 49) were genotyped by Mycobacterial Interspersed Repetitive Units-Variable Number Tandem Repeat (MIRU-VNTR) and compared with adult isolates. Genotypically clustered cases underwent WGS. Clinical, demographic, and contact data were reviewed for each case. Results: Twenty-three children were Canadian-born, 7 to Canadian-born parents (CBP) and 16 to foreign-born parents (FBP). Of the 26 foreign-born children, all were born in Asia (81%) or Africa (19%). Using molecular and epidemiological data, we determined that 15 children had acquired their infection within BC, and household transmission explained all 7 Canadian-born (FBP) children that acquired TB locally. In contrast, 6 of 7 Canadian-born (CBP) children were exposed via a non-household community source. Eight Canadian-born (FBP) children acquired their infections through travel to their parents' place of birth. All but 1 of the foreign-born children acquired their infection outside of BC. Conclusions: Genotyping and genomic data reveal that drivers of pediatric transmission vary according to a child's age, birthplace, and their parents' place of birth.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».