MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2803582451 · doi:10.1111/cea.13181

Novel genes and insights in complete asthma remission: A genome‐wide association study on clinical and complete asthma remission

2018· article· en· W2803582451 sur OpenAlexaff
Judith M. Vonk, Maartje A. E. Nieuwenhuis, F. Nicole Dijk, Anne Boudier, Valérie Siroux, Emmanuelle Bouzigon, Nicole Probst‐Hensch, Medea Imboden, Dirk Keidel, Don D. Sin, Yohan Bossé, Ke Hao, Maarten van den Berge, Alen Faiz, Gerard H. Koppelman, Dirkje S. Postma

Notice bibliographique

RevueClinical & Experimental Allergy · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAsthma and respiratory diseases
Établissements canadiensInstitut universitaire de cardiologie et de pneumologie de QuébecUniversité LavalSt. Paul's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAsthmaSingle-nucleotide polymorphismGenome-wide association studyMedicineExpression quantitative trait lociBronchial hyperresponsivenessInternal medicineImmunologyRespiratory diseaseLungGeneBiologyGeneticsGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Background Asthma is a chronic respiratory disease without a cure, although there exists spontaneous remission. Genome‐wide association ( GWA ) studies have pinpointed genes associated with asthma development, but did not investigate asthma remission. Objective We performed a GWA study to develop insights in asthma remission. Methods Clinical remission (ClinR) was defined by the absence of asthma treatment and wheezing in the last year and asthma attacks in the last 3 years and complete remission (ComR) similarly but additionally with normal lung function and absence of bronchial hyperresponsiveness ( BHR ). A GWA study on both ClinR and ComR was performed in 790 asthmatics with initial doctor diagnosis of asthma and BHR and long‐term follow‐up. We assessed replication of the 25 top single nucleotide polymorphisms ( SNP s) in 2 independent cohorts (total n = 456), followed by expression quantitative loci ( eQTL ) analyses of the 4 replicated SNP s in lung tissue and epithelium. Results Of the 790 asthmatics, 178 (23%) had ClinR and 55 ComR (7%) after median follow‐up of 15.5 (range 3.3‐47.8) years. In ClinR, 1 of the 25 SNP s, rs2740102, replicated in a meta‐analysis of the replication cohorts, which was an eQTL for POLI in lung tissue. In ComR, 3 SNP s replicated in a meta‐analysis of the replication cohorts. The top‐hit, rs6581895, almost reached genome‐wide significance ( P ‐value 4.68 × 10 −7 ) and was an eQTL for FRS 2 and CCT in lung tissue. Rs1420101 was a cis‐ eQTL in lung tissue for IL 1 RL 1 and IL 18R1 and a trans‐ eQTL for IL13 . Conclusions and Clinical Relevance By defining a strict remission phenotype, we identified 3 SNP s to be associated with complete asthma remission, where 2 SNP s have plausible biological relevance in FRS 2 , CCT , IL 1 RL 1, IL 18R1 and IL 13 .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,136
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,094
Tête enseignante GPT0,400
Écart entre enseignants0,306 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueClinical & Experimental AllergyMême sujetAsthma and respiratory diseasesTravaux en français237 207