NDM-1-producing Vibrio parahaemolyticus isolated from imported seafood
Notice bibliographique
Résumé
Vibrio parahaemolyticus is a marine microorganism, frequently isolated from seafood, at water temperatures above 15 C. Symptoms are abdominal cramps, nausea, diarrhoea, fever, headache and chills. WT V. parahaemolyticus are characterized as being susceptible to all antibiotic classes, except penicillins. . parahaemolyticus strain 16-B3PA-006 was isolated in January 2016, from a shelled shrimp tail imported from Vietnam to France. Antimicrobial susceptibility was tested by the disc diffusion method (Bio-Rad, Marne-La-Coquette, France), following CLSI recommendations. The raw reads were trimmed (minimum length, 35 bp; quality score, 0.03) and assembled in CLC Genomics Workbench 7.5.1, firstly by mapping chromosome 1 and 2 from the V. parahaemolyticus reference genome (V. parahaemolyticus RIMD 2210633) and then de novo assembly of the remaining paired-end reads. A total of 190 contigs were obtained including 60 contigs that did not map the reference genome, indicating the presence of acquired genetic material. The Center for Genomic Epidemiology server (https://cge.cbs.dtu.dk/serv ices/) was used to identify acquired antimicrobial resistance genes (Resfinder), plasmid presence (PlasmidFinder) and ST (MLST).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».