Genetic identity in genebanks: application of the SolCAP 12K SNP array in fingerprinting and diversity analysis in the global in trust potato collection
Notice bibliographique
Résumé
Breeders rely on genetic integrity of material from genebanks; however, admixture, mislabeling, and errors in original data can occur and be detrimental. Two hundred and fifty accessions, representing paired samples consisting of original mother plants and their in vitro counterparts from the cultivated potato collection at the International Potato Center (CIP) were fingerprinted using the Infinium 12K V2 Potato Array to confirm genetic identity of the accessions and evaluate genetic diversity of the potato collection. Diploid, triploid, and tetraploid accessions were included, representing seven cultivated potato taxa (based on Hawkes, 1990). Fingerprints between voucher mother plants maintained in the field and in vitro clones of the same accession were used to evaluate identity, relatedness, and ancestry using hierarchal clustering and model-based Bayesian admixture analyses. Generally, in vitro and field clones of the same accession grouped together; however, 11 (4.4%) accessions were mismatches genetically, and in some cases the SNP data revealed the identity of the mixed accession. SNP genotypes were used to assess genetic diversity and to evaluate inter- and intraspecific relationships along with determining population structure and hybrid origins. Phylogenetic analyses suggest that the triploids included in this study are genetically similar. Further, some genetic redundancies among individual accessions were also identified along with some putative misclassified accessions. Accessions generally clustered together based on taxonomic classification and ploidy level with some deviations. STRUCTURE analysis identified six populations with significant gene flow among the populations, as well as revealed hybrid taxa and accessions. Overall, the Infinium 12K V2 Potato Array proved useful in confirming identity and highlighting the diversity in this subset of the CIP collection, providing new insights into the accessions evaluated. This study provides a model for genetic identity of plant genetic resources collections as mistakes in conservation of these collections and in genebanks is a reality. For breeders and other users of these collections, confirmed identity is critical, as well as for quality management programs and to provide insights into the accessions evaluated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».