Elevated histone H3 acetylation is associated with genes involved in T lymphocyte activation and glutamate decarboxylase antibody production in patients with type 1 diabetes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aims/Introduction Genetic and epigenetic mechanisms have been implicated in the pathogenesis of type 1 diabetes, and histone acetylation is an epigenetic modification pattern that activates gene transcription. However, the genome‐wide histone H3 acetylation in new‐onset type 1 diabetes patients has not been well described. Accordingly, we aimed to unveil the genome‐wide promoter acetylation profile in CD4+ T lymphocytes from type 1 diabetes patients, especially for those who are glutamate decarboxylase antibody‐positive. Materials and Methods A total of 12 patients with new‐onset type 1 diabetes who were glutamate decarboxylase antibody‐positive were enrolled, and 12 healthy individuals were recruited as controls. The global histone H3 acetylation level of CD4+ T lymphocytes from peripheral blood was detected by western blot, with chromatin immunoprecipitation linked to microarrays to characterize the promoter acetylation profile. Furthermore, we validated the results of particular genes from chromatin immunoprecipitation linked to microarrays by using chromatin immunoprecipitation quantitative polymerase chain reaction, and analyzed the transcription level by real‐time quantitative polymerase chain reaction. Results Elevated global histone H3 acetylation level was observed in type 1 diabetes patients, with 607 differentially acetylated genes identified between type 1 diabetes patients and controls by chromatin immunoprecipitation linked to microarrays. The hyperacetylated genes were enriched in biological processes involved in immune cell activation and inflammatory response. Gene‐specific assessments showed that increased transcription of inducible T‐cell costimulator was in concordance with the elevated acetylation in its gene promoter, along with positive correlation with glutamate decarboxylase antibody titer in type 1 diabetes patients. Conclusions The present study generates a genome‐wide histone acetylation profile specific to CD4+ T lymphocytes in type 1 diabetes patients who are glutamic acid decarboxylase antibody‐positive, which is instrumental in improving our understanding of the epigenetic involvement in autoimmune diabetes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».