Laboratory testing and phylogenetic analysis during a mumps outbreak in Ontario, Canada
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: In September 2009, a mumps outbreak originated in New York and spread to Northeastern USA and Canada. This study compares the performance of different diagnostic testing methods used in Ontario and describes molecular characteristics of the outbreak strain. METHODS: Between September 2009 and February 2010, specimens from suspect cases were submitted to Public Health Ontario Laboratory for mumps serology, culture and/or real-time reverse-transcriptase PCR (rRT-PCR) testing. rRT-PCR-positive specimens underwent genotyping at Canada's National Microbiology Laboratory. Whole genome sequencing was performed on four outbreak and three sporadic viral culture isolates. RESULTS: Six hundred ninety-eight patients had IgM serology testing, of which 255 (37%) had culture and rRT-PCR. Among those, 35/698 (5%) were IgM positive, 39/255 (15%) culture positive and 47/255 (18%) rRT-PCR-positive. Buccal swabs had the highest rRT-PCR positivity (21%). The outbreak isolates were identical to that in the New York outbreak occurring at the same time. Nucleotide and amino acid identity with the Jeryl Lynn vaccine strain ranged from 85.0-94.5% and 82.4-99.4%, depending on the gene and coding sequences. Homology of the HN protein, the main immunogenic mumps virus protein, was found to be 94.5 and 95.3%, when compared to Jeryl Lynn vaccine major and minor components, respectively. CONCLUSIONS: Despite higher sensitivity than serology, rRT-PCR testing is underutilized. Further work is needed to better understand the suboptimal match of the HN gene between the outbreak strain and the Jeryl Lynn vaccine strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».