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Enregistrement W2807796131 · doi:10.1101/343293

New genetic signals for lung function highlight pathways and pleiotropy, and chronic obstructive pulmonary disease associations across multiple ancestries

2018· preprint· en· W2807796131 sur OpenAlexaff
Nick Shrine, Anna L. Guyatt, A. Mesut Erzurumluoglu, Victoria E. Jackson, Brian D. Hobbs, Carl Melbourne, Chiara Batini, Katherine A. Fawcett, Kijoung Song, Phuwanat Sakornsakolpat, Xingnan Li, Ruth Boxall, Nicola Reeve, Ma’en Obeidat, Jing Hua Zhao, Matthias Wielscher, Understanding Society Scientific Group, Stefan Weiß, Katherine A. Kentistou, James P. Cook, Benjamin B. Sun, Jian Zhou, Jennie Hui, Stefan Karrasch, Medea Imboden, Sarah E. Harris, Jonathan Marten, Stefan Enroth, Shona M. Kerr, Ida Surakka, Véronique Vitart, Terho Lehtimäki, Richard J. Allen, Per Bakke, Terri H. Beaty, Eugene R. Bleecker, Yohan Bossé, Corry‐Anke Brandsma, Zhengming Chen, James D. Crapo, John Danesh, Dawn L. DeMeo, Frank Dudbridge, Ralf Ewert, Christian Gieger, Amund Gulsvik, Anna Hansell, Ke Hao, Josh D Hoffman, John E. Hokanson, Georg Homuth, Peter K. Joshi, Philippe Joubert, Claudia Langenberg, Xuan Li, Liming Li, Kuang Lin, Lars Lind, Nick Locantore, Jian’an Luan, Anubha Mahajan, Joseph Maranville, Alison D. Murray, David C. Nickle, Richard Packer, Margaret M. Parker, Megan L. Paynton, David J. Porteous, Dmitry Prokopenko, Dandi Qiao, Rajesh Rawal, Heiko Runz, Ian Sayers, Don D. Sin, Blair H. Smith, María Soler Artigas, David Sparrow, Ruth Tal‐Singer, Paul R. H. J. Timmers, Maarten van den Berge, John C. Whittaker, Prescott G. Woodruff, Laura M Yerges Armstrong, Olga G. Troyanskaya, Olli T. Raitakari, Mika Kähönen, Ozren Polašek, Ulf Gyllensten, Igor Rudan, Ian J. Deary, Nicole Probst‐Hensch, Holger Schulz, James F. Wilson, Beate Stubbe, Eleftheria Zeggini, Marjo‐Riitta Järvelin, Edwin K. Silverman, Caroline Hayward, Andrew P. Morris, Adam S. Butterworth, Robert A. Scott, Robin Walters, Deborah A. Meyers, Michael H. Cho, David P. Strachan, Ian P. Hall, Martin D. Tobin, Louise V. Wain

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueChronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) Research
Établissements canadiensInstitut universitaire de cardiologie et de pneumologie de QuébecCentre for Global Health ResearchUniversité LavalSt. Paul's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNIHR Nottingham Biomedical Research CentreNIHR Leicester Biomedical Research CentreNational Heart, Lung, and Blood InstituteNIHR Cambridge Biomedical Research CentreEconomic and Social Research CouncilMedical Research CouncilUppsala UniversitetHjärt-LungfondenCenters for Disease Control and PreventionMinistry of Science and Technology of the People's Republic of ChinaWellcome TrustUniversity of EssexCancer Research UKBHF Centre of Research Excellence, OxfordVetenskapsrådetNational Natural Science Foundation of ChinaUnderstanding SocietyEuropean CommissionBritish Lung FoundationBundesministerium für Bildung und ForschungNHS Blood and TransplantNational Institute for Health and Care ResearchHorizon 2020 Framework ProgrammeBritish Heart FoundationUniversity of CambridgeDeutsche ForschungsgemeinschaftGlaxoSmithKlineNational Institutes of HealthUniversity of Leicester
Mots-clésPleiotropyCOPDPhenomeLung functionGenome-wide association studyDiseaseGenetic associationPulmonary diseaseLungGenetic variantsMedicineMultimorbidityBioinformaticsBiologyGenomeGeneticsPhenotypeInternal medicineGenotypeSingle-nucleotide polymorphismGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Reduced lung function predicts mortality and is key to the diagnosis of COPD. In a genome-wide association study in 400,102 individuals of European ancestry, we define 279 lung function signals, one-half of which are new. In combination these variants strongly predict COPD in deeply-phenotyped patient populations. Furthermore, the combined effect of these variants showed generalisability across smokers and never-smokers, and across ancestral groups. We highlight biological pathways, known and potential drug targets for COPD and, in phenome-wide association studies, autoimmune-related and other pleiotropic effects of lung function associated variants. This new genetic evidence has potential to improve future preventive and therapeutic strategies for COPD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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