Detecting<i>de Novo</i>Homoeologous Recombination Events in Cultivated<i>Brassica napus</i>Using a Genome-Wide SNP Array
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The heavy selection pressure due to intensive breeding of Brassica napus has created a narrow gene pool, limiting the ability to produce improved varieties through crosses between B. napus cultivars. One mechanism that has contributed to the adaptation of important agronomic traits in the allotetraploid B. napus has been chromosomal rearrangements resulting from homoeologous recombination between the constituent A and C diploid genomes. Determining the rate and distribution of such events in natural B. napus will assist efforts to understand and potentially manipulate this phenomenon. The Brassica high-density 60K SNP array, which provides genome-wide coverage for assessment of recombination events, was used to assay 254 individuals derived from 11 diverse cultivated spring type B. napus. These analyses identified reciprocal allele gain and loss between the A and C genomes and allowed visualization of de novo homoeologous recombination events across the B. napus genome. The events ranged from loss/gain of 0.09 Mb to entire chromosomes, with almost 5% aneuploidy observed across all gametes. There was a bias toward sub-telomeric exchanges leading to genome homogenization at chromosome termini. The A genome replaced the C genome in 66% of events, and also featured more dominantly in gain of whole chromosomes. These analyses indicate de novo homoeologous recombination is a continuous source of variation in established Brassica napus and the rate of observed events appears to vary with genetic background. The Brassica 60K SNP array will be a useful tool in further study and manipulation of this phenomenon.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle