Endospore forming bacteria may be associated with maintenance of surgically-induced remission in Crohn’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Crohn's disease (CD) patients who undergo ileocolonic resection (ICR) typically have disease recurrence at the anastomosis which has been linked with a gut dysbiosis. The aims of this study were to define the mucosa-associated microbiota at the time of ICR and to determine if microbial community structure at the time of surgery was predictive of future disease relapse. Ileal biopsies were obtained at surgery and after 6 months from CD subjects undergoing ICR. Composition and function of mucosal-associated microbiota was assessed by 16S rRNA sequencing and PICRUSt analysis. Endoscopic recurrence was assessed using the Rutgeerts score. Analysis of mucosal biopsies taken at the time of surgery showed that decreased Clostridiales together with increased Enterobacteriales predicted disease recurrence. An increase in the endospore-forming Lachnospiraceae from surgery to 6 months post-ICR was associated with remission. A ratio of 3:1 between anaerobic endospore-forming bacterial families and aerobic families within the Firmicutes phylum was predictive of maintenance of remission. Gut recolonization following ICR is facilitated by microbes which are capable of either aerobic respiration or endospore formation. The relative proportions of these species at the time of surgery may be predictive of subsequent microbial community restoration and disease recurrence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».