Detection of<i>Diplodia corticola</i>spores in Ontario and Québec based on High Throughput Sequencing (HTS) methods
Notice bibliographique
Résumé
A total of 252 aerial spore samples from the provinces of Quebec and Ontario were obtained during an extensive research programme focusing on aerobiology of fungal spores. Samples were collected on 95 sticky rods from rotary arm spore collectors and 157 filters from passive rain collectors. DNA from samples was PCR-amplified for fungal ribosomal ITS and sequenced using High Throughput Sequencing (HTS) methods. After bioinformatics analysis of DNA sequences, the presence of Diplodia corticola, an emerging tree pathogen in North America, was observed. In total, 313 DNA sequence reads from aerial spores of D. corticola were found in the Illumina data set, and 199 DNA sequence reads were obtained from the Ion Torrent data set. DNA of D. corticola was found in 16 of the 32 sampled sites, always less than 10 reads per site, with the exception of three sites – Quebec City, Aylmer and Ottawa – where 287, 125 and 73 DNA reads, respectively, were detected. This is not a first report of the presence of D. corticola causing a tree disease in Canada as symptomatic trees have not been identified. Typically, like many other species of the Botryosphaeriaceae, this fungal pathogen is believed to be an opportunistic plant endophyte capable of living asymptomatically for several years before showing up as a pathogen when conducive conditions arise. Its presence as singletons in nearly half the sampled sites in Quebec and Ontario may be the result of long-distance spore dispersal originating from known infected sites in Massachusetts, Maine and other unknown sites in the north-eastern USA. However, its much higher read counts in three sites may indicate the possibility of a few trees being asymptomatically infected and spreading conidia locally.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».