Transcriptome Profiling of <i>Bigelowiella natans</i> in Response to Light Stress
Notice bibliographique
Résumé
Bigelowiella natans is a marine chlorarachniophyte whose plastid was acquired secondarily via endosymbiosis with a green alga. During plastid evolution, the photosynthetic endosymbiont would have integrated with the host metabolic pathways. This would require the evolution and coordination of strategies to cope with changes in light intensity that includes changes in the expression of both endosymbiont and host-derived genes. To investigate the transcriptional response to light intensity in chlorarachniophytes, we conducted an RNA-seq experiment to identify differentially expressed genes following a 4-h shift to high or very-low light. A shift to high light altered the expression of over 2,000 genes, many involved with photosynthesis, PSII assembly, primary metabolism, and reactive-oxygen scavenging. These changes are an attempt to optimize photosynthesis and increase energy sinks for excess reductant, while minimizing photooxidative stress. A transfer to very-low light resulted in a lower photosynthetic performance and metabolic alteration, reflecting an energy-limited state. Genes located on the nucleomorph, the vestigial nucleus in the plastid, had few changes in expression in either light treatment, indicating this organelle has relinquished most transcriptional control to the nucleus. Overall, during plastid origin, both host and transferred endosymbiont genes evolved a harmonized transcriptional network to respond to a classic photosynthetic stress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».