MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2884916450 · doi:10.15252/embj.201899372

Small molecule inhibitors reveal an indispensable scaffolding role of RIPK2 in NOD2 signaling

2018· article· en· W2884916450 sur OpenAlexfundno aff
Matouš Hrdinka, Lisa Schlicher, Bing Dai, Daniel M. Pinkas, Joshua C. Bufton, S. Picaud, Jennifer Ward, Catherine A. Rogers, Chalada Suebsuwong, Sameer Nikhar, Gregory D. Cuny, K. Huber, P. Filippakopoulos, Alex N. Bullock, Alexei Degterev, Mads Gyrd‐Hansen

Notice bibliographique

RevueThe EMBO Journal · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueNeutrophil, Myeloperoxidase and Oxidative Mechanisms
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesAllergopharmaNational Institutes of HealthForskerakademietOntario Ministry of Economic Development and InnovationGrantová Agentura České RepublikyLudwig Institute for Cancer ResearchCanada Foundation for InnovationGenome CanadaDiamond Light SourceEuropean Molecular Biology OrganizationMyeloma UKWellcome TrustMerck KGaAMinisterstvo Vnitra České RepublikyFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsNovartis PharmaAbbVieTakeda Pharmaceutical CompanyMedical Research CouncilMeso Scale DiagnosticsDanmarks Frie ForskningsfondEshelman Institute for Innovation, University of North Carolina at Chapel HillAmerican Heart AssociationMinistero dello Sviluppo EconomicoNational Cancer InstituteBayerBoehringer IngelheimErzincan ÜniversitesiPfizer
Mots-clésLibrary scienceMedicineComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

RIPK2 mediates inflammatory signaling by the bacteria-sensing receptors NOD1 and NOD2. Kinase inhibitors targeting RIPK2 are a proposed strategy to ameliorate NOD-mediated pathologies. Here, we reveal that RIPK2 kinase activity is dispensable for NOD2 inflammatory signaling and show that RIPK2 inhibitors function instead by antagonizing XIAP-binding and XIAP-mediated ubiquitination of RIPK2. We map the XIAP binding site on RIPK2 to the loop between b2 and b3 of the N-lobe of the kinase, which is in close proximity to the ATP-binding pocket. Through characterization of a new series of ATP pocket-binding RIPK2 inhibitors, we identify the molecular features that determine their inhibition of both the RIPK2-XIAP interaction, and of cellular and in vivo NOD2 signaling. Our study exemplifies how targeting of the ATP-binding pocket in RIPK2 can be exploited to interfere with the RIPK2-XIAP interaction for modulation of NOD signaling.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,695

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations79
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueThe EMBO JournalMême sujetNeutrophil, Myeloperoxidase and Oxidative MechanismsTravaux en français237 207