Abstract 2269: Transcription factor relationships associated with androgen-deprivation therapy response and metastatic progression in prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Patients with recurrent, aggressive prostate cancer typically undergo androgen-deprivation therapy (ADT), but the benefits are often short-lived, and responses are variable. Failure to respond to ADT invariably leads to metastatic disease, and ultimately death. To investigate differential responses to ADT, we performed whole-transcriptome analysis of 20 patient-matched pre-ADT biopsies and post-ADT prostatectomy specimens, and observed that all patients lost transcriptional signatures indicative of the androgen receptor (AR)-dependent subtype, after treatment. We also identified two subgroups of patients with either a strong or weak transcriptional response to ADT. The strong responders maintained the more aggressive subtype signal, while the weak responders lost expression of these genes and more resembled an AR-suppressed, basal subtype. We generated a strong responder transcriptional network using the PANDA program and integrated expression data from our cohort, protein-protein interaction, and DNA binding motif data. We also leveraged the expression data from a large public dataset of over 800 metastatic and primary samples to construct a metastatic lesion transcriptional network. We identified 20 common transcription factor coordinated groups (TFCGs) associated with both the strong responders and metastatic lesions, including GLI3/GLI2, SOX4/FOXA2/GATA4, ERF/ETV5/ETV3/ELF4, and a TFCG containing JUN, JUNB, JUND, FOS, FOSB, and FOSL1. Many TFCGs in the metastatic network were subsets of larger groups in the strong responders network, implicating these transcription factor associations as potentially critical for both the differential ADT response and metastatic disease progression. Citation Format: Nitya V. Sharma, Kathryn L. Pellegrini, Veronique Ouellet, Felipe O. Giuste, Selvi Ramalingam, Kenneth Watanabe, Eloise Adam-Granger, Lucresse Fossouo, Sungyong You, Michael R. Freeman, Paula Vertino, Karen Conneely, Adeboye O. Osunkoya, Dominique Trudel, Anne-Marie Mes-Masson, John A. Petros, Fred Saad, Carlos S. Moreno. Transcription factor relationships associated with androgen-deprivation therapy response and metastatic progression in prostate cancer [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2018; 2018 Apr 14-18; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2018;78(13 Suppl):Abstract nr 2269.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».