Genetic Diversity of <i>Potato virus Y</i> in Potato Production Areas in Northeast China
Notice bibliographique
Résumé
In 2011–2014, ELISA or nucleic acid spot hybridization (NASH) testing for common potato viruses or Potato spindle tuber viroid (PSTVd) was performed on 500 leaf samples collected in potato fields in the northeast provinces Heilongjiang and Inner Mongolia, China. The results revealed that 38.4% (Heilongjiang) and 27.7% (Inner Mongolia) were positive for Potato virus Y (PVY). To unveil the strain composition and population structure of PVY in the region, the multiplex RT-PCR described by Chikh-Ali et al. was performed on all of the ELISA-PVY-positive samples. Of the 158 samples whose PVY strain scenarios could be determined, PVY NTN-NW -SYR-II and PVY N-Wi were the most abundant strains, occurring in 58.9 and 47.5% samples, followed by PVY NTN-NW -SYR-I (31.0%), PVY N:O (19.6%), Eu-PVY NTN (7.6%), NA-PVY N (1.3%), and PVY O (0.6%). In the 84 single-strain-infected samples, PVY N-Wi accounted for 41.7%, PVY NTN-NW -SYR-II for 40.5%, PVY NTN-NW -SYR-I for 14.3%, and PVY N:O and Eu-PVY NTN for 3.6% each. Seven isolates representing PVY NTN-NW -SYR-I (HLJ-6-1 and HLJ-9-4), PVY NTN-NW -SYR-II (INM-W-369-12 and SC-1-1-2), PVY N:O (HLJ-30-2), and PVY N-Wi (HLJ-BDH-2 and HLJ-C-429) were sequenced and analyzed molecularly. Whereas the sequence identities for isolates belonging to the same strain group were >98.5%, they fell for isolates belonging to different strain groups to 92.7–98.1% at the genome level and 96.1–98.4% at the polyprotein level. Interestingly, the exact location of the recombination events varied among isolates within a strain group. Phylogenetic analysis of all 42 full length PVY sequences from China indicated that most clustered to various recombinant groups, despite the fact that the PVY isolates were isolated from at least five host species. Pathological analysis of four isolates representing PVY N:O , PVY N-Wi , PVY NTN-NW -SYR-I, and PVY NTN-NW -SYR-II revealed that the PVY NTN-NW -SYR-II isolate incited the most severe symptoms on potato cultivar Kexin 13, followed by PVY NTN-NW -SYR-I, PVY N:O and PVY N-Wi . The PVY NTN-NW -SYR-I and PVY NTN-NW -SYR-II isolates also caused necrotic ringspots on the tubers of Kexin 13, indicating their ability to induce the potato tuber necrotic ringspot disease in potato.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».