Genetic characterization of macrophages from induced sputum of asthma and COPD patients
Notice bibliographique
Résumé
Genetic characterization of macrophages in asthma and COPD 559 and 20 controls.Patients were recruited from the pulmonary outpatient department of the Pub lic Central Teaching Clinical Hospital of the Med ical University of Warsaw (Warsaw, Poland).In all patients, the diagnosis of asthma and COPD was previously established according to the Glob al Initiative for Asthma and Global Initiative for Chronic Obstructive Lung Disease guidelines, re spectively.The following evaluations were per formed after patient enrollment: medical histo ry, physical examination, spirometry with flow volume curve, airway obstruction reversibility test (when applicable), allergy skin prick tests, and sputum induction.Patient characteristics are shown in Supplementary material (Table S1).The study protocol was approved by the institu tional review board (KB/249/2016).An informed consent was obtained from all study participants.Methods Sputum induction and processing was proceeded as previously described.8 A FITC Pos itive Selection Kit (StemCell, Vancouver, Cana da) was used for sputum macrophage (SM) sep aration.The immunomagnetic separation of cells labeled with CD68 + FITC antibody (Thermo Fish er, Waltham, Massachusetts, United States) was performed according to the manufacturer's in struction.The number of macrophages in isolat ed cells was evaluated on May-Grünwald Giem sa stained smears (Supplementary material, Table S2).The threshold for macrophage dominated material was arbitrarily set as more than 50% of isolated cells.The total RNA was isolated us ing the Tri reagent/chloroform method (Sigma Aldrich, Saint Louis, Missouri, United States).RNA quality was measured with the Agilent 2100 bioanalyzer (
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».