Genome Wide Identification and Analysis of <i>TRK</i> Gene Family in <i>Aspergillus niger</i
Notice bibliographique
Résumé
TRK gene is related to potassium uptake and transport, which plays an important role in regulating the life activity of living organisms. Based on Aspergillus niger genome database, using bioinformatic method predicted the members of TRK gene family, gene structure and phylogenetic relationships of Aspergillus nig er. The phylogenetic tree was constructed using MEGA 6.0.6 software with Maximum Likelihood Tree method. Using PAL2NAL software estimated da/ds. The structure of the genes was analyzed by GSDS 2.0 software. The motif was analyzed by MEME program. Four members of TRK gene family in the genome of Aspergillus niger were identified, which were AnTrk1 , AnTrk2 , AnTrk3 and AnTrk4 , respectively. Both the TRK feature domain and the conserved motif were found. The structure of different genes was different, but the structure of cluster was similar. TRK gene family members of Aspergillus niger in the genetic structure and other aspects of existed significant differences with the yeast. Genetic relationships and protein interaction network analysis have further verified this conclusion. Therefore, it can infer that TRK gene of Aspergillus niger has other regulation pathways. This conclusion could provide the basis for further research on the function and mechanism of TRK osmotic stress related protein, so as to lay a foundation for understanding the mechanism of the osmotic adjustment of Aspergillus niger .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».