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Enregistrement W2885268399

Understanding Gene Panel Testing for Breast Cancer Risk

2018· article· en· W2885268399 sur OpenAlexaboutno aff
Angelina Tryon, Gord Glendon

Notice bibliographique

RevueDigital Commons-Sarah Lawrence (Sarah Lawrence College) · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueNutrition, Genetics, and Disease
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBreast cancerCancerMedicineOncologyInternal medicine
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Polygenic tests such as genome-wide small nucleotide polymorphism (SNP) risk testing, exome or genome sequencing are currently on the horizon for genetic testing for inherited cancer risk. We are unsure of how patients would accept this future genetic testing and the best way to fully understand the experience of undergoing a polygenic test for breast cancer risk is to explore the experience of women who have already undergone the process. In Ontario, these individuals are those who have already had gene panel testing (GPT). This group’s opinions and experiences will be directly related to the refinement and modification of the existing GPT process and will provide guidance for polygenic testing offered in the future. Methods: Fourteen women who have undergone GPT in the past year were interviewed in a semi-structured manner regarding their GPT experience. Interviews were recorded and transcribed, then qualitatively coded to identify key words, phrases, and expressed concepts surrounding GPT. Results: Participants had an overall favourable opinion regarding their GPT experience, with minor changes to be considered in future provision of GPT. In general, GPT appears to be well-tolerated within the context of a traditional genetics assessment and participants that did not receive a clinically significant result through GPT felt that they would be open to pursuing other forms of genetic testing in the future such as polygenic testing, despite the possibility of receiving an uncertain result.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,017
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,020
Score d'incertitude au seuil0,045

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,017
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0030,008
Communication savante0,0040,004
Science ouverte0,0010,003
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,080
Tête enseignante GPT0,280
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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