Quick Click: The DNA‐Templated Ligation of 3′‐<i>O</i>‐Propargyl‐ and 5′‐Azide‐Modified Strands Is as Rapid as and More Selective than Ligase
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The copper(I)‐mediated azide–alkyne cycloaddition (CuAAC) of 3′‐propargyl ether and 5′‐azide oligonucleotides is a particularly promising ligation system because it results in triazole linkages that effectively mimic the phosphate–sugar backbone of DNA, leading to unprecedented tolerance of the ligated strands by polymerases. However, for a chemical ligation strategy to be a viable alternative to enzymatic systems, it must be equally as rapid, as discriminating, and as easy to use. We found that the DNA‐templated reaction with these modifications was rapid under aerobic conditions, with nearly quantitative conversion in 5 min, resulting in a k obs value of 1.1 min −1 , comparable with that measured in an enzymatic ligation system by using the highest commercially available concentration of T4 DNA ligase. Moreover, the CuAAC reaction also exhibited greater selectivity in discriminating C:A or C:T mismatches from the C:G match than that of T4 DNA ligase at 29 °C; a temperature slightly below the perfect nicked duplex dissociation temperature, but above that of the mismatched duplexes. These results suggest that the CuAAC reaction of 3′‐propargyl ether and 5′‐azide‐terminated oligonucleotides represents a complementary alternative to T4 DNA ligase, with similar reaction rates, ease of setup and even enhanced selectivity for certain mismatches.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».