First record of <i>Grapevine Pinot gris virus</i> infecting <i>Vitis vinifera</i> in the United Kingdom
Notice bibliographique
Résumé
Grapevine Pinot gris virus (GPGV) is a member of the genus Trichovirus, and was first identified in grapevine (Vitis vinifera) cv. Pinot Gris in Italy in 2012 (Giampetruzzi et al., 4). Since then GPGV has been reported in several European countries as well as Australia, Canada, China, Korea and the USA (Bertazzon et al., 2). In April 2017, a survey of four geographically separated vineyards in the UK was done to investigate the presence of GPGV. A dormant cane was sampled at random from each of the four locations (Pinot Noir clones 119, 336, 792 and 924, reciprocally grafted upon Gravesac, SO4 or 3309 Couderc rootstocks). RNA was extracted from cambial scrapings using a modified CTAB method (Abarshi et al., 1) and tested by RT-PCR using the specific primer pair Pg-Mer-F1 and Pg-Mer-R1 (Beuve et al., 3) targeting the movement protein (MP) gene. One sample, clone 336 grafted upon Gravesac, tested positive for GPGV yielding the expected 770 bp fragment. To confirm the detection of GPGV in the UK, a second RT-PCR was performed using GPGV-specific primers spanning the end of the MP and the beginning of the coat protein gene sequences (Morelli et al., 6). An amplicon of the expected size (588 bp) was obtained. PCR amplicons from both GPGV primer sets were sequenced in both directions and the resulting sequences assembled using Geneious v10.2.6 (Biomatters Ltd., New Zealand). Sequences overlapped by 441 bp and generated a single contig of 917 bp representing a partial sequence of the GPGV isolate from the UK (GenBank Accession No. MG983746). Similarity searches using BLAST showed that this GPGV isolate shares the highest sequence identity at the nucleotide level (99%) with isolate GPGV Mer from France (KM491305). To our knowledge, this is the first report of GPGV in the UK. GPGV has been associated with symptoms of leaf mottling and deformation in grapevine and is transmitted by the eriophyid mite Colomerus vitis (Malagnini et al., 2016) which is present in the UK. Further large-scale studies should be done to determine the prevalence and spread of GPGV in the UK and evaluate the impact of the virus on yield and wine quality. The UK wine industry is a fast-growing sector with production projected to increase from the current 6 million bottles of wine per annum to c. 40 million bottles by 2040. Extensive knowledge is needed about the presence and incidence of viruses in UK vineyards to develop efficient control strategies critical to enable the continued development of the industry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».