Genome-wide systematic characterization and its regulatory expression reprogramming process of the bZIP transcription factors during trauma response in <i>Camellia sinensis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Basic leucine zipper (bZIP) transcription factor (TF) genes regulate numerous biological processes, as well as biotic and abiotic responses. Although the genome of the tea tree (Camellia sinensis (L.) Kuntze) has been released, knowledge regarding the bZIP TF family in C. sinensis, e.g., phylogenetic relationship and transcriptional gene expression profiles, remains limited. In this study, we characterized 77 bZIP genes in C. sinensis based on transcriptomic and genomic data and divided them into 11 groups according to their phylogenetic relationship with those in Arabidopsis, which allowed us to identify 14 pairs of orthologous proteins shared by Arabidopsis and C. sinensis and 19 pairs of paralogous proteins in C. sinensis. Conserved motif analysis of CsbZIP proteins showed high group specificity. Our classification was supported by the predicted specificities based on DNA-binding domains, as well as the dimerization property based on characteristic features in the basic and hinge regions and the leucine zipper. Specifically, they indicated that some highly conserved amino acid residues exist across each major group in the tree of land plant life. Expression profiling analyses indicate that the CsbZIP genes are likely involved in response to trauma, and a model was established to display the unique expression of each group during different time intervals after wounding. This work provides useful clues for further functional characterization of the CsbZIP TFs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».