Basin‐scale distribution and haplotype partitioning in different genetic lineages of the Neotropical migratory fish <scp><i>Salminus brasiliensis</i></scp>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Four valid species are currently recognized in the Neotropical migratory genus Salminus: Salminus brasiliensis, Salminus franciscanus, Salminus hilarii and Salminus affinis. However, molecular evidence strongly suggested that two different species might be contained under the taxonomic denomination Salminus brasiliensis. Therefore, the geographical distribution of each entity was evaluated in order to understand their contribution to the different stocks of major river networks in South America. Major river networks of the La Plata River basin were explored to characterize the geographical distribution of the two genetic lineages. To characterize further the genetic partitioning within each lineage of S. brasiliensis, a haplotype analysis was conducted. The 5′ region of the mitochondrial COI gene was used as the molecular marker. In total, 45 fish samples of S. brasiliensis from 19 sites in Argentina, Brazil and Paraguay were sequenced. Additional COI sequences of S. brasiliensis, S. franciscanus and S. hilarii were gathered from public databases. All samples of S. brasiliensis comprised two different mitochondrial lineages. Accordingly, phylogenetic tree topologies segregated the complete set of sequences into two disparate clusters. One of these clusters was far closer phylogenetically to S. hilarii than to other S. brasiliensis. While one of the genetic lineages of S. brasiliensis seemed mostly restricted to the upper Paraná River, the other showed a widespread distribution along major river networks of the basin. Fifteen unique haplotypes were identified and collapsed. Salminus hilarii and S. franciscanus have private haplotypes. In S. brasiliensis, each mitochondrial lineage also hosts a set of unshared haplotypes. The sympatry of two different putative species within S. brasiliensis together with their unshared haplotypes present a difficult situation for management and conservation that calls for timely solutions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».