MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2886737079 · doi:10.1107/s2056989018010939

A new structural model for NiFe hydrogenases: an unsaturated analogue of a classic hydrogenase model leads to more enzyme-like Ni—Fe distance and interplanar fold

2018· article· en· W2886737079 sur OpenAlexafffund
Daniel J. Harrison, Alan J. Lough, Ulrich Fekl

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section E Crystallographic Communications · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineEnergy
ThématiqueMetalloenzymes and iron-sulfur proteins
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversity of Toronto
Mots-clésChemistryHexafluorophosphateCrystallographyOrthorhombic crystal systemNickelStereochemistryCrystal structureHydrogenaseOctahedronEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The complex cation in the title compound, (carbonyl-1κ C )(1η 5 -pentamethylcyclopentadienyl)(μ-2,3,9,10-tetramethyl-1,4,8,11-tetrathiaundeca-2,9-diene-1,11-diido-1κ 2 S , S ′′′:2κ 4 S , S ′, S ′′, S ′′′)ironnickel( Fe — Ni ) hexafluorophosphate, [FeNi(C 10 H 15 )(C 11 H 18 S 4 )(CO)]PF 6 or [Ni( L ′)FeCp*(CO)]PF 6 , is composed of the nickel complex fragment [Ni( L ′)] coordinated as a metalloligand (using S 1 and S 4 ) to the [FeCp*(CO)] + fragment, where ( L ′) 2− is [S—C(Me)=C(Me)—S—(CH 2 ) 3 —S—C(Me)=C(Me)—S] 2− and where Cp* − is cyclo -C 5 (Me) 5 − (pentamethylcyclopentadienyl). The ratio of hexafluorophosphate anion per complex cation is 1:1. The structure at 150 K has orthorhombic ( Pbcn ) symmetry. The atoms of the complex cation are located on general positions (multiplicity = 8), whereas there are two independent hexafluorophosphate anions, each located on a twofold axis (Wyckoff position 4 c ; multiplicity = 4). The structure of the new dimetallic cation [Ni( L ′)FeCp*(CO)] + can be described as containing a three-legged piano-stool environment for iron [Cp*Fe(CO)`S 2 '] and an approximately square-planar `S 4 ' environment for Ni. The NiS 2 Fe diamond-shaped substructure is notably folded at the S—S hinge: the angle between the NiS 2 plane and the FeS 2 plane normals is 64.85 (6)°. Largely because of this fold, the nickel–iron distance is relatively short, at 2.9195 (8) Å. The structural data for the complex cation, which contains a new unsaturated `S 4 ' ligand (two C=C double bonds), provide an interesting comparison with the known NiFe hydrogenase models containing a saturated `S 4 '-ligand analogue having the same number of carbon atoms in the ligand backbone, namely with the structures of [Ni( L )FeCp(CO)] + (as the PF 6 − salt, CH 2 Cl 2 solvate) and [Ni( L )FeCp*(CO)] + (as the PF 6 − salt), where ( L ) 2− is [S—CH 2 —CH 2 —S—(CH 2 ) 3 —S—CH 2 —CH 2 —S] 2− and Cp − is cyclopentadienyl. The saturated analogues [Ni( L )FeCp(CO)] + and [Ni( L )FeCp*(CO)] + have similar Ni—Fe distances: 3.1727 (6), 3.1529 (7) Å (two independent molecules in the unit cell) and 3.111 (5) Å, respectively, for the two complexes, whereas [Ni( L ′)FeCp*(CO)] + described here stands out with a much shorter Ni—Fe distance [2.9196 (8) Å]. Also, [Ni( L )FeCp(CO)] + and [Ni( L )FeCp*(CO)] + show interplanar fold angles that are similar between the two: 39.56 (5), 41.99 (5) (independent molecules in the unit cell) and 47.22 (9) °, respectively, whereas [Ni( L ′)FeCp*(CO)] + possesses a much more pronounced fold [64.85 (6)°]. Given that larger fold angles and shorter Ni—Fe distances are considered to be structurally closer to the enzyme, unsaturation in an `S 4 '-ligand of the type (S—C 2 —S—C 3 —S—C 2 —S) 2− seems to increase structural resemblance to the enzyme for structural models of the type [Ni(`S 4 ')FeCp R (CO)] + (Cp R = Cp or Cp*).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,913
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,003
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,283
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueActa Crystallographica Section E Crystallographic CommunicationsMême sujetMetalloenzymes and iron-sulfur proteinsTravaux en français237 207