Inward- and outward-facing homology modeling of human concentrative nucleoside transporter 3 (hCNT3) predicts an elevator-type transport mechanism
Notice bibliographique
Résumé
The human SLC28 family of concentrative (Na+-dependent) nucleoside transporters has three members, hCNT1, hCNT2 and hCNT3. Previously, we have used heterologous expression in Xenopus laevis oocytes in combination with an engineered cysteine-less hCNT3 protein hCNT3(C-) to undertake systematic substituted cysteine accessibility method (SCAM) analysis of the transporter using the membrane-impermeant thiol reactive reagent p-chloromercuribenzene sulfonate (PCMBS). A continuous sequence of more than 300 individual amino acid residue positions were investigated, including the entire transport domain of the protein, as well as important elements of the corresponding hCNT3 structural domain. We have now constructed 3D structural homology models of hCNT3 based upon inward-facing, intermediates and outward-facing crystal structures of the bacterial CNT Neisseria wadsworthii CNTNW to show that all previously identified PCMBS-sensitive residues in hCNT3 are located above (ie on the extracellular side of) the key diagonal barrier scaffold domain TM9 in the transporter’s outward-facing conformation. In addition, both the Na+ and permeant binding sites of the mobile transport domain of hCNT3 are elevated from below the scaffold domain TM9 in the inward-facing conformation to above TM9 in the outward-facing conformation. The hCNT3 homology models generated in the present study validate our previously published PCMBS SCAM data, and confirm an elevator-type mechanism of membrane transport.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».