MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2888709840 · doi:10.1007/s00401-018-1898-8

Methylome analysis and whole-exome sequencing reveal that brain tumors associated with encephalocraniocutaneous lipomatosis are midline pilocytic astrocytomas

2018· letter· en· W2888709840 sur OpenAlexafffund
Elvis Terci Valera, Melissa K. McConechy, Tenzin Gayden, Bárbara Rivera, David Jones, Andrea Wittmann, HyeRim Han, Eric Bareke, Hamid Nikbakht, Leonie G. Mikael, R.G.P. Queiroz, Veridiana Kiill Suazo, Ji Hoon Phi, Seung‐Ki Kim, Sung‐Hye Park, Raita Fukaya, Mi‐Sun Yum, Tae‐Sung Ko, Ricardo Santos de Oliveira, Hélio Rubens Machado, María Sol Brassesco, Antonio Carlos do Santos, Gustavo Novelino Simão, Leandra Náira Zambelli Ramalho, Luciano Neder, Carlos Alberto Scrideli, Luíz Gonzaga Tone, Jacek Majewski, Nada Jabado

Notice bibliographique

RevueActa Neuropathologica · 2018
Typeletter
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and rare skin diseases.
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation CentreMcGill University Health CentreMcGill UniversityMcGill Genome Centre
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthBrain Tumour CharityFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloBanting Research FoundationCanadian Institutes of Health ResearchCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorAlex's Lemonade Stand Foundation for Childhood Cancer
Mots-clésPilocytic astrocytomaLipomatosisExome sequencingExomePathologyAstrocytomaMedicineGlioblastomaBiologyGeneticsCancer researchMutationGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Encephalocraniocutaneous lipomatosis (ECCL;[MIM:613001]) is a rare sporadic RASopathy due to one of two mutually exclusive fibroblast growth factor receptor 1 (FGFR1) mutations p.N546K or p.K656E. These activating hotspot mutations are identified in affected tissues, but not in the peripheral blood of ECCL patients, and are likely the result of post-zygotic constitutional mosaicism promoting locally constitutive activation of the RAS-MAPK pathway [ 1 ]. The same FGFR1 mutations occur in subgroups of sporadic low-grade gliomas (LGG) [ 7 , 10 , 12 ] indicating probable intersection between ECCL and tumorigenesis, possibility further substantiated by reports of brain tumors in nine ECCL cases with wide-ranging histopathological subtypes [ 1 , 2 , 3 , 5 , 6 , 8 , 9 , 13 ].

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0040,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentnon

Explorer davantage

Même revueActa NeuropathologicaMême sujetGenetic and rare skin diseases.Travaux en français237 207