RNA‐seq reveals a robust transcriptomic response during anoxia in the Western painted turtle
Notice bibliographique
Résumé
Western painted turtles, Chrysemys picta bellii , can survive 3 months of anoxia at 3°C and for more than 30 hours at 20°C. Although the physiological responses to anoxia have been well studied, the underlying transcriptomic responses are not as well‐characterized. Using RNA‐seq methodology, we show a robust transcriptional response in ventricle and telencephalon to 24 hours of anoxia at 19°C, including the upregulation of several genes by more than 100‐fold, despite decreases in total RNA content of 50% and 12% in ventricle and telencephalon, respectively. qPCR validated the increased expression of several genes in ventricle, including FOS (91‐fold) and a GLUT1‐like transporter belonging to SLC2A (29‐fold). Similar validations were made in telencephalon for APOLD1 (292‐fold) and PTGS2 (219‐fold). There were no decreases in telencephalic gene expression, but there were decreases in 5 ventricular genes, including CDO1, which, when knocked out in mice, increases hydrogen sulfide levels, SRSF5, a gene involved in mRNA processing, and MKNK1, which regulates growth and differentiation. This study shows how the increased availability of sequenced genomes can provide an unprecedented level of insight into our understanding of extreme physiological adaptation and marks a transformative moment in comparative physiology. This study was funded by Saint Louis University (DEW) and NSERC (LTB) .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».