Association Analysis of Somatic Copy Number Alteration Burden With Breast Cancer Survival
Notice bibliographique
Résumé
The increasing prevalence of diagnosed breast cancer cases emphasizes the urgent demand for developing new prognostic breast cancer biomarkers. Copy number alteration (CNA) burden measured as the percentage of the genome affected by CNAs has emerged as a potential candidate to this aim. Using somatic CNA data obtained from METABRIC (Molecular Taxonomy of Breast Cancer International Consortium), we implemented Kaplan-Meier estimators and Cox proportional hazards models to examine the association of CNA burden with patient's overall survival (OS) and disease specific survival (DSS). We also evaluated the association by considering patients' age and tumor subtypes using stratified Cox models. We delineated the distribution of CNA burden in sample genomes and highlighted chromosomes 1, 8, and 16 as the carriers of the highest CNA burden. We identified a strong association between CNA burden and age as well as CNA burden and breast cancer PAM50 subtypes. We found that controlling the effects of both age (bound by 45-year) and PAM50 subtypes on patient survival using stratified Cox models, would still result in significant association between CNA burden and patients overall survival in both Discovery and Validation data. The same trend was observed in disease specific survival when only PAM50 subtypes were controlled in the stratified Cox models. Our analysis showed that there is a significant association between CNA burden and breast cancer survival. This result is also validated by using TCGA (The Cancer Genome Atlas) data. CNA burden of breast cancer patients has a considerable potential to be used as a novel prognostic biomarker.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».