Endo-fucoidan hydrolases from glycoside hydrolase family 107 (GH107) display structural and mechanistic similarities to α-l-fucosidases from GH29
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Using carbohydrate-PAGE, we show that P5AFcnA and P19DFcnA are active on fucoidans that differ from those depolymerized by MfFcnA, revealing differential substrate specificity within the GH107 family. Using a combination of X-ray crystallography and NMR analyses, we further show that GH107 family enzymes share features of their structures and catalytic mechanisms with GH29 α-l-fucosidases. However, we found that GH107 enzymes have the distinction of utilizing a histidine side chain as the proposed acid/base catalyst in its retaining mechanism. Further interpretation of the structural data indicated that the active-site architectures within this family are highly variable, likely reflecting the specificity of GH107 enzymes for different fucoidan substructures. Together, these findings begin to illuminate the molecular details underpinning the biological processing of fucoidans.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle