Letter to the Editor: “A Unique Case of Metastatic, Functional, Hereditary Paraganglioma Associated With an SDHC Germline Mutation”
Notice bibliographique
Résumé
Several recently published articles (1–5) in Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism report variant interpretation using terms that are no longer encouraged by the standards and guidelines as outlined by the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology (6). Terms such as “mutation” and “polymorphism” that refer to a permanent change in the nucleotide sequence and a variant with a frequency >1% in the general population, respectively, lead to confusion because of incorrect assumptions of pathogenic and benign effects (6). Thus, in 2015, standards and guidelines for the interpretation of sequence variants were created using a five-tier system of classification to design a framework with universal applicability. The term “variant” was preferred to mutation and polymorphism. Variants are further classified into pathogenic, likely pathogenic, variant of uncertain significance (VUS), likely benign, or benign (6). These guidelines have been adopted by many US and international laboratories and journals, requiring substantial expertise to be applied correctly for specific diseases and genes. The fluidity of this classification system allows for reclassification of variants (e.g., from VUS to benign) as new or updated reports with multiple new cases or families, including functional laboratory studies, are released. A recent study that examined hereditary cancer genetic results from >1.5 million individuals using a single-gene or small panel test showed that ∼24.9% of VUSs were reclassified, which included both downgrades and upgrades (7). Thus, we encourage the adoption of this framework by all endocrine journals to assist in the standardization of variant interpretation practices across all Mendelian disorders. variant of uncertain significance. Disclosures Summary: The authors have nothing to disclose.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,016 | 0,010 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».