Phylogeographic Analysis Reveals Multiple International transmission Events Have Driven the Global Emergence of Escherichia coli O157:H7
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Shiga toxin-producing Escherchia coli (STEC) O157:H7 is a zoonotic pathogen that causes numerous food and waterborne disease outbreaks. It is globally distributed, but its origin and the temporal sequence of its geographical spread are unknown. METHODS: We analyzed whole-genome sequencing data of 757 isolates from 4 continents, and performed a pan-genome analysis to identify the core genome and, from this, extracted single-nucleotide polymorphisms. A timed phylogeographic analysis was performed on a subset of the isolates to investigate its worldwide spread. RESULTS: The common ancestor of this set of isolates occurred around 1890 (1845-1925) and originated from the Netherlands. Phylogeographic analysis identified 34 major transmission events. The earliest were predominantly intercontinental, moving from Europe to Australia around 1937 (1909-1958), to the United States in 1941 (1921-1962), to Canada in 1960 (1943-1979), and from Australia to New Zealand in 1966 (1943-1982). This pre-dates the first reported human case of E. coli O157:H7, which was in 1975 from the United States. CONCLUSIONS: Inter- and intra-continental transmission events have resulted in the current international distribution of E. coli O157:H7, and it is likely that these events were facilitated by animal movements (eg, Holstein Friesian cattle). These findings will inform policy on action that is crucial to reduce the further spread of E. coli O157:H7 and other (emerging) STEC strains globally.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».