Expression of murine muscle-enriched A-type lamin-interacting protein (MLIP) is regulated by tissue-specific alternative transcription start sites
Notice bibliographique
Résumé
Muscle-enriched lamin-interacting protein (Mlip) is an alternatively spliced gene whose splicing specificity is dictated by tissue type. MLIP is most abundantly expressed in brain, cardiac, and skeletal muscle. In the present study, we systematically mapped the transcriptional start and stop sites of murine Mlip. Rapid amplification of cDNA ends (RACE) of Mlip transcripts from the brain, heart, and skeletal muscle revealed two transcriptional start sites (TSSs), exon 1a and exon 1b, and only one transcriptional termination site. RT-PCR analysis of the usage of the two identified TSSs revealed that the heart utilizes only exon 1a for MLIP expression, whereas the brain exclusively uses exon 1b TSS. Loss of Mlip exon 1a in mice resulted in a 7-fold increase in the prevalence of centralized nuclei in muscle fibers with the Mlip exon1a–deficient satellite cells on single fibers exhibiting a significant delay in commitment to a MYOD-positive phenotype. Furthermore, we demonstrate that the A-type lamin-binding domain in MLIP is encoded in exon 1a, indicating that MLIP isoforms generated with exon 1b TSS lack the A-type lamin-binding domain. Collectively these findings suggest that Mlip tissue-specific expression and alternative splicing play a critical role in determining MLIP’s functions in mice. Muscle-enriched lamin-interacting protein (Mlip) is an alternatively spliced gene whose splicing specificity is dictated by tissue type. MLIP is most abundantly expressed in brain, cardiac, and skeletal muscle. In the present study, we systematically mapped the transcriptional start and stop sites of murine Mlip. Rapid amplification of cDNA ends (RACE) of Mlip transcripts from the brain, heart, and skeletal muscle revealed two transcriptional start sites (TSSs), exon 1a and exon 1b, and only one transcriptional termination site. RT-PCR analysis of the usage of the two identified TSSs revealed that the heart utilizes only exon 1a for MLIP expression, whereas the brain exclusively uses exon 1b TSS. Loss of Mlip exon 1a in mice resulted in a 7-fold increase in the prevalence of centralized nuclei in muscle fibers with the Mlip exon1a–deficient satellite cells on single fibers exhibiting a significant delay in commitment to a MYOD-positive phenotype. Furthermore, we demonstrate that the A-type lamin-binding domain in MLIP is encoded in exon 1a, indicating that MLIP isoforms generated with exon 1b TSS lack the A-type lamin-binding domain. Collectively these findings suggest that Mlip tissue-specific expression and alternative splicing play a critical role in determining MLIP’s functions in mice.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».