PATH-25. SURVIVAL STRATIFICATION OF IDH MUTANT GLIOMA USING METHYLATION AND mRNA ANALYSIS OF HOX GENES
Notice bibliographique
Résumé
Diffuse gliomas are separated based on IDH mutation (mut) status. However, IDH-mut gliomas manifest wide range of clinical outcome that are not explained by the current genomic classification. We aim to identify clinically and biologically relevant subgroups within IDH-mut low grade gliomas to gain a deeper insight and improve classification. We used 412 IDH-mut gliomas profiled by The Cancer Genome Atlas (TCGA) Network, utilising methylation, mRNA and mutation datasets to identify unique molecular signatures. We found that IDH-mut gliomas further subdivide into 2 groups based on mutational rate. High mutation load predicts poor survival in IDH-mut glioma. Analysis of differentially expressed genes in high versus low-mutational rate showed significant enrichment of HOX genes, 24/40 HOX genes were up regulated in this group. Interestingly, both overexpression and hyper-methylation of specific HOX genes were associated with worse survival. We further show that 7 of these HOX genes (HOXA4, HOXA7, HOXA10, HOXA13, HOXD3, HOXD9, and HOXD10) are the most significant in determining survival. Signed average of 7 Hox genes significantly improved survival and hazard ratio (HR) based on high versus low methylation (HR=4.3, p<0.0001) and high versus low mRNA expression (HR=2.8, p=0.00095). Similarly, effect on survival based on high expression and hyper-methylation of HOX genes was not only observed in IDH-mut 1p/19q-codeleted and non-codeleted groups independently, but also in IDH-wild-type low grade glioma. Multivariate analysis adjusted for confounding factors (grade, age and codeletion status) showed prognostic factors associated with survival in high versus low methylated group (HR=3.2, p=0.0036). Interestingly, only the same direction (high-high and low-low groups) of both mRNA and methylation showed significance and increased HR, which challenges the current understanding of methylation of genes and gene expression. We show that IDH-mut gliomas can further be stratified into clinically relevant categories based on high mRNA expression and hyper-methylation of Hox genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».