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Enregistrement W2903852443

Caractérisation des protéines Str3 et Tpx1 dans l’homéostasie de l’hème chez la levure Schizosaccharomyces pombe.

2018· article· fr· W2903852443 sur OpenAlexfundno aff
Vincent Normant

Notice bibliographique

RevueKnowledge UdeS (Institutional Deposit of the University of Sherbrooke) · 2018
Typearticle
Languefr
DomaineMedicine
ThématiqueFungal Biology and Applications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesFaculty of Medicine and Health, University of SydneyNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchUniversité de Sherbrooke
Mots-clésSchizosaccharomyces pombeBiologyMolecular biologyChemistryYeastSaccharomyces cerevisiaeGenetics
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

La molécule d’hème est un groupement prosthétique qui est requis par de nombreuses protéines impliquées dans des processus cellulaires vitaux. En excès, la molécule d’hème libre est toxique car elle peut facilement causer des dommages aux membranes ou participer à la formation d’espèces réactives à l’oxygène. Son homéostasie doit donc être rigoureusement régulée. Pour obtenir l’hème de façon exogène, les organismes ont développé une panoplie de stratégies afin de l’acquérir. De plus, pour plusieurs organismes incluant les levures pathogènes, il a été montré que leur capacité à acquérir l’hème est souvent en lien direct avec leur habilité à infecter l’hôte. Chez l’organisme modèle, Schizosaccharomyces pombe, il a été découvert que la protéine de surface Shu1 est impliquée dans l’acquisition d’hème. Une souche délétée pour le gène hem1+ n'est plus capable de synthétiser de l’hème. Elle doit donc recourir à l'acquisition d’hème exogène pour survivre. Une souche hem1Δ shu1Δ n'est pas capable de croître en présence d'une faible quantité d’hème (0,075μM) dans le milieu de culture. Nous avons montré dans cette thèse que si cette concentration excède 0,15μM, la souche est capable de croître, suggérant l'existence d'un deuxième transporteur d’hème. Cette croissance est dépendante de la protéine Str3 qui code pour un transporteur de type MFS (Major Facilitator Superfamily transporter). Ainsi, une souche hem1Δ shu1Δ str3Δ présente une incapacité de croître en présence de 0,15μM d’hème, montrant l'importance de str3+ à cette concentration d’hème. La protéine Str3 se localise à la surface cellulaire. Elle a la capacité de lier de l’hème via une boucle extracellulaire. Enfin, la présence de Str3 à la surface cellulaire permet l’entrée dans la cellule de Zinc-Mésoporphyrine (ZnMP), un analogue fluorescent de l’hème. Nous avons ensuite montré que Str3 interagit avec la peroxyrédoxine Tpx1 en présence d’hème. La protéine Tpx1, initialement caractérisée pour sa réponse au stress oxydatif, est capable de lier deux molécules d’hème au niveau de deux motifs CP. La mutation des deux motifs CP abolie la capacité de croissance en présence de 0.15μM d’hème d’une souche délétée pour les gènes hem1+ et shu1+ (hem1Δ shu1Δ). Ainsi, Tpx1 et Str3 participent à une voie commune d’assimilation de l’hème chez S. pombe. Enfin, nos résultats montrent que la présence de Str3 et Tpx1 est requise pour le fonctionnement de l’hémoprotéine Frp1, une ferriréductase de surface.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,018

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
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