PSI-36 Taxonomic and functional assessment reveals specific rumen microbial species and gene families associated with feed efficiency in Angus cattle.
Notice bibliographique
Résumé
A greater understanding of the rumen microbiota and its function may lead to improved feed efficiency in cattle. The objectives of this study were: (i) to characterize bacterial phylotypes and microbial functions in the rumen of two breeds of beef cattle fed forage-based diets and (ii) to identify specific taxonomic microbial groups and gene families associated with feed conversion rate (FCR). Total RNA was extracted from twenty-four rumen content samples collected over four-time points (0, 80, 100, 180 d) from six purebred bulls (Black Angus= 3; Red Angus= 3) and sequenced (RNA-seq). Microbial classification and functional characterization of genes were analyzed using Kraken and ShotMAP, respectively. Sparse partial least square (sPLS-DA) multivariate regression models were used to identify a panel of bacterial species and microbial gene families (microbial signatures) that discriminate and characterize the different breeds. An Analysis of Composition of Microbiomes (ANCOM) was used to detect differentially abundant microbes and functions when FCR was adjusted to time. Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Spirochaetes, Verrucomicrobia, Tenericutes, and Fibrobacteres phyla accounted for 97% of the bacterial population in all bulls. Gene families were mostly enriched from ribosome, Calvin cycle, gluconeogenesis, glycolysis, and citrate cycle modules identified in the KEGG database. sPLS-DA detected 25 bacterial species and 10 gene families discriminating the two breeds. Specifically, bacterial taxa including Chitinophaga pinensis, Clostridium stercorarium, Ruminoccocus albus, and functions including large and small subunits ribosomal proteins L16 (K02878) and S7 (K02992) and NADH-quinone oxidoreductase subunit F exhibited a higher abundance in Black Angus as compared to Red Angus. Moreover, it was found that the abundances of Ruminoccocus albus and large and small subunits ribosomal proteins L16 were influenced by FCR and time across breeds, underlining the important role of bacterial composition and microbial functions associated with the catalysis of mRNA-directed protein synthesis in forage fed beef bulls.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».