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Enregistrement W2904490999 · doi:10.1093/jas/sky404.259

310 What’s Next for Genomic Selection in Dairy Cattle?.

2018· article· en· W2904490999 sur OpenAlexaboutno aff
Michael Lohuis

Notice bibliographique

RevueJournal of Animal Science · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and phenotypic traits in livestock
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHeritabilityGenomic selectionInbreedingBiologySelection (genetic algorithm)Genetic gainGenotypingBiotechnologyDairy cattleGeneticsComputational biologyPopulationGenetic variationGeneComputer scienceGenotypeMedicineSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Genomic selection has transformed dairy genetic improvement from progeny testing to genomic testing. In Canada, genetic improvement rates have increased 2 to 3-fold due to improvements in generation interval and selection intensity. In some cases, unfavorable genetic trends in low heritability traits such as female fertility and disease tolerance have been reversed. Unfortunately, rates of inbreeding have accelerated due to rapid generational turnover. Currently, genome-tested young bull use has reached 70% and continues to rise. Due to intense preselection of bull parents the potential for bias in genomic prediction is increasing. Furthermore, as modern dairy farms withdraw from milk-recording programs and focus on in-house data collection and management tools, there is a risk that accuracy of genomic predictions could decrease over time. To compensate, more emphasis will be needed on genotyping and phenotyping unselected reference populations to maintain genomic evaluation accuracy and unbiasedness. Fortunately, traits that were previously too expensive, difficult or time-consuming to phenotype, may now be feasible in focused reference populations. AI companies may need to help support reference populations to maintain the integrity of conventional dairy traits but may also gain data on valuable novel traits such as feed efficiency, disease resistance and heat tolerance. New genomic analysis methods and technologies are helping scientists to better understand gene function. It has been shown such information can be incorporated into genomic evaluation to increase accuracy of predictions substantially and to reduce the risk of deleterious/lethal genes to be passed to the next generation. Previously, the infinitesimal model or “black box” approach was the preferred model for selection; however, genomic analysis tools may help breeders better understand the underlying genetic architecture of traits and incorporate this information into breeding programs. Additionally, opportunities exist to improve evaluation models to account for allelic effects and interactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,048

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,004
Communication savante0,0030,005
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0030,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0090,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,284
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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