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Enregistrement W2904491092 · doi:10.1371/journal.pone.0208990

Streptococcus agalactiae is not always an obligate intramammary pathogen: Molecular epidemiology of GBS from milk, feces and environment in Colombian dairy herds

2018· article· en· W2904491092 sur OpenAlexaff
Claudia Cobo-Ángel, Ana S. Jaramillo-Jaramillo, Laura Lasso-Rojas, Sandra Bibiana Aguilar-Marín, Javier Sánchez, J.C. Rodríguez-Lecompte, Alejandro Ceballos-Márquez, Ruth N. Zadoks

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeonatal and Maternal Infections
Établissements canadiensUniversity of Prince Edward Island
Organismes subventionnairesUniversidad de CaldasDepartamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación (COLCIENCIAS)
Mots-clésStreptococcus agalactiaeBulk tankHerdBiologyFecesObligate anaerobeMastitisObligateDairy cattleMilkingMultilocus sequence typingMicrobiologyVeterinary medicinePathogenAnimal scienceStreptococcusBacteriaMedicineEcologyGenotypeGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

For many years Streptococcus agalactiae has been considered an obligate intramammary and strictly contagious pathogen in dairy cattle. However, recent reports of S. agalactiae isolation from extramammary sources have contradicted that premise. To gain further insight into the epidemiology of S. agalactiae infection in cattle, we examined its distribution and heterogeneity of strains in bovine milk, bovine feces, and the environment in Colombian dairy farms. First, a longitudinal study was conducted at herd level in 152 dairy herds. Bulk tank milk samples from each herd where collected twice a month for six months. A follow-up study with a cross sectional design at the cow level was conducted in a subset of 25 farms positive for S. agalactiae. Cow-level milk samples from 1712 lactatting cows and 1545 rectal samples were collected, as well as 120 environmental samples. Samples were used for S. agalactiae detection and genotyping using Multi Locus Sequence Typing. Results showed sporadic rather than repeated isolation of S. agalactiae from bulk tank milk in 40% of the positive herds, challenging the idea that S. agalactiae is a highly contagious pathogen causing chronic infections. S. agalactiae was isolated from rectal or environmental samples in 32% and 12% of cross-sectional study farms, respectively, demonstrating that the bacteria can survive in extramammary sources and that S. agalactiae is not an obligate intramammary pathogen. The same strain was isolated from rectal and bulk tank milk samples in eight farms, suggesting that fecal shedding is frequent, and contributes to the presence of S. agalactiae in bulk tank. High within-herd heterogeneity of strains was found, which is distinct from the situation in developed dairy industries. These new epidemiological findings should be considered to adjust surveillance and control recommendations for S. agalactiae.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,215
Score d'incertitude au seuil0,544

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,050
Tête enseignante GPT0,268
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations33
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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