Complete Genome Amplification and Sequencing of DENV-2 Pakistani Isolates: Analysis Reveals Molecular Evolution of DENV-2
Notice bibliographique
Résumé
Aim: This study was aimed to amplify, characterize and analyze complete genomes of dengue virus serotype-2 (DENV-2) Pakistani isolates. Patients & methods: Complete genomes of DENV-2 (n = 4) in nine overlapping fragments from two dengue outbreaks (2011 and 2013) were sequenced; deposited in GenBank (Punjab Isolates: KM217157 and KM217156; Swat Isolates: KM217158 and KJ701507) and characterized using specific primers, we designed. Results: Analysis clustered Pakistani isolates with the cosmopolitan genotypes and further indicated that codons 65 of C, 155 of PrM, 203 of E and 254 of NS1 genes were under negative selection pressure. A substitution of alanine with proline in NS5 gene at nucleotide position 885 in Swat isolates was observed. Conclusion: DENV-2 is spreading to other parts of Pakistan with the possible adaptability of the virus molecularly.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».