PSXIII-8 Metagenomics Analysis of the Healthy Feline Fecal Microbiota using Illumina Whole Genome Shotgun Sequencing.
Notice bibliographique
Résumé
The microbial community inhabiting the gastrointestinal tract provides many roles in animal health, disease, and nutrition. The microbial community’s composition and metabolic function has not been studied in depth in healthy domestic cats. In order to research, treat, and prevent diseased states further, a comprehensive characterization of the healthy baseline feline gastrointestinal microbial community is required. Fourteen healthy lean client-owned cats, 2–7 years old, with body condition scores of 4–5 on a 9-point scale, from Guelph, Ontario Canada, participated. Cats were fed a veterinary diet at maintenance energy requirement for four weeks. Fecal samples were collected at the end of the four week period, genomic DNA was extracted, and DNA was whole-genome shotgun sequenced with Illumina NextSeq500 platform. Data was analyzed through MG-RAST, a bioinformatics pipeline, to determine bacterial phylogenetic composition and metabolic functional capacity. The phylogenic composition identified four predominant bacteria phylum: Firmicutes (34.32%), Bacteroidetes (30.72%), Actinobacteria (19.4%), and Proteobacteria (10.37%). Within Firmicutes, classes Clostridia (20.55%) and Bacilli (9.08%) were most prevalent. Within Bacteroidetes, the class Bacteroidia (29.48%) dominated. Archea, Eukaryota, and Viruses were minor microbial constituents (2%). Major functional metabolic categories included carbohydrate, protein, DNA and RNA metabolisms (16.3%, 10.34% 6.07%, and 4.54% respectively); clustering-based subsystems (12.69%); amino acids and derivatives (9.22%); cofactors, vitamins, prosthetic groups, and pigments (4.69%); and cell wall and capsule (4.44%). Future efforts focused on providing deeper coverage of the feline gastrointestinal microbiome are warranted. These study demonstrate a need for further investigation to evaluate the effects of age, genetics, diet, probiotics, environment, and disease on the feline gastrointestinal microbiome. This study’s results will serve as baseline values for future feline microbiota research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».