Identification of watermelon chlorotic stunt virus from watermelon and zucchini in Saudi Arabia
Notice bibliographique
Résumé
Symptomatic and non-symptomatic leaf samples of cucumber, zucchini, melon and watermelon plants were collected from three locations (Al-Ahsa in the East, Jizan in the South and Tabuk in the North) in the Kingdom of Saudi Arabia during 2013–2014. The detection of begomovirus infection was commenced with serological assay, rolling circle amplification and PCR amplification with universal begomovirus primers. The zucchini and watermelon samples tested positive for the presence of begomovirus infection in 53 and 39.6%, and 54.5 and 41.5% samples using serological and PCR-based detection, respectively. Based upon the core coat protein sequence, the full-length genomes of DNA-A and DNA-B were amplified and subsequently sequenced. The sequence analysis revealed that the two clones of DNA-A shared 96.9% nucleotide (nt) sequence identity with each other while they shared 95.9–98.4% nt sequence identity with watermelon chlorotic stunt virus (WmCSV) isolates reported so far. Similarly, the two DNA-B clones showed 91.8% mutual nt sequence identity, while sharing 95.2–95.5% nt sequence identity with all other reported DNA-B sequences. The phylogenetic dendrogram grouped both DNA-A clones into separate sub-groups, suggesting that both isolates were introduced separately into Saudi Arabia. The identification of WmCSV from zucchini in Saudi Arabia and other hosts in the neighbouring countries suggests that this virus is becoming an emerging threat to cucurbits in this region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».