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Enregistrement W2911887154 · doi:10.1101/533414

Length of uninterrupted CAG repeats, independent of polyglutamine size, results in increased somatic instability and hastened age of onset in Huntington disease

2019· preprint· en· W2911887154 sur OpenAlexafffund
Galen E.B. Wright, Jennifer A. Collins, Chris Kay, Cassandra McDonald, Egor Dolzhenko, Qingwen Xia, Kristina Bečanović, Alicia Semaka, Charlotte Nguyen, Brett Trost, Fiona Richards, Emilia K. Bijlsma, Ferdinando Squitieri, Stephen W. Scherer, Michael A. Eberle, Ryan K. C. Yuen, Michael R. Hayden

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueGenetic Neurodegenerative Diseases
Établissements canadiensUniversity of TorontoUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenLeids Universitair Medisch CentrumGlaxoSmithKlineUniversity of TorontoBC Children's HospitalUniversiteit Leiden
Mots-clésBiologyPenetranceGeneticsHuntington's diseaseAlleleTrinucleotide repeat expansionHuntingtinSomatic cellPolyglutamine tractDiseaseGermlineGenePhenotypeMedicineInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Huntington disease (HD) is an autosomal dominant neurological disorder that is caused by a CAG repeat expansion, translated into polyglutamine, in the huntingtin ( HTT) gene. Although the length of this repeat polymorphism is inversely correlated with age of onset (AOO), it does not fully explain the variability in AOO. Genomic studies have provided evidence for the involvement of DNA repair in modifying this trait, potentially through somatic repeat instability. We therefore assessed genetic variants within the 12bp interrupting sequence between the pathogenic CAG repeat and the polymorphic proline (CCG) tract in the HTT gene and identified variants that result in complete loss of interruption (LOI) between the adjacent CAG/CCG repeats. Analysis of multiple HD pedigrees showed that this variant is associated with dramatically earlier AOO and is particularly relevant to HD patients with reduced penetrance alleles. On average AOO of HD is hastened by an average of 25 years in LOI carriers. This finding indicates that the number of uninterrupted CAG repeats is the most significant contributor to AOO of HD and is more impactful than polyglutamine length, which is not altered in these patients. We show that the LOI variant is associated with increases in both somatic and germline repeat instability, demonstrating a potential mechanism for this effect. Screening individuals from the general population ( n =2,674 alleles) suggests that the variant occurs only in expanded CAG repeat alleles. Identification of this modifier has important clinical implications for disease management of HD families, especially for those in the reduced penetrance ranges.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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