Structural characterization of the <i>Helicobacter pylori</i> peptidyl-prolyl <i>cis</i>,<i>trans</i>-isomerase HP0175 reveals an extension of chaperone helices upon target interaction
Notice bibliographique
Résumé
Within a host, pathogenic bacteria employ several mechanisms that enhance their survival and motility. Helicobacter pylori secretes several virulence factors, including VacA, CagA, -glutamyltrasnpeptidase and HP0175. The secreted HP0175 has been shown to induce cell apoptosis through a cascade of mechanisms initiated through binding to Toll Like Receptor 4 (TLR4). HP0175 is classified as a parvulin-like peptidylprolyl cis,trans-isomerase (PPIase) involved in the isomerization of proline-containing peptide bonds. We have crystallized apo-HP0175 and determined the structure to 2.09 resolution. A comparison to the indole-2-carboxylic acid bound HP0175 form of the protein reveals that the N-and C-terminal helices of the chaperone domain extend upon engagement of the catalytic residues in the binding pocket by the inhibitor. Further, chromatographic and mass spectrometric analysis of HP0175 reveals that dimerization of the active form of the protein is dependent on ionic strength. These structural observations support the finding in other parvulins that the N-and C-terminal helices stabilize proteins undergoing catalysis by the PPIase domain, as well as suggest a means by which HP0175 could bind to TLR4, thereby initiating an apoptotic cascade in infected cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».