Comparison of data‐acquisition methods for the identification and quantification of histone post‐translational modifications on a Q Exactive HF hybrid quadrupole Orbitrap mass spectrometer
Notice bibliographique
Résumé
RATIONALE: Histone post-translational modifications (PTMs) play key roles in regulating eukaryotic gene expression. Mass spectrometry (MS) has emerged as a powerful method to characterize and quantify histone PTMs as it allows unbiased identification and quantification of multiple histone PTMs including combinations of the modifications present. METHODS: In this study we compared a range of data-acquisition methods for the identification and quantification of the histone PTMs using a Q Exactive HF Orbitrap. We compared three different data-dependent analysis (DDA) methods with MS2 resolutions of 120K, 60K, 30K. We also compared a range of data-independent analysis (DIA) methods using MS2 isolation windows of 20 m/z and DIAvw to identify and quantify histone PTMs in Chinese hamster ovary (CHO) cells. RESULTS: The increased number of MS2 scans afforded by the lower resolution methods resulted in a higher number of queries, peptide sequence matches (PSMs) and a higher number of peptide proteoforms identified with a Mascot Ion score greater than 46. No difference in the proportion of peptide proteoforms with Delta scores >17 was observed. Lower coefficients of variation (CVs) were obtained in the DIA MS1 60 K MS2 30 K 20 m/z isolation windows compared with the other data-acquisition methods. CONCLUSIONS: We observed that DIA which offers advantages in flexibility and identification of isobaric peptide proteoforms performs as well as DDA in the analysis of histone PTMs. We were able to identify 71 modified histone peptides for histone H3 and H4 and quantified 64 across each of the different acquisition methods.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».