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Enregistrement W2913181200 · doi:10.1101/550517

Dilated Saliency U-Net for White Matter Hyperintensities Segmentation using Irregularity Age Map

2019· preprint· en· W2913181200 sur OpenAlexfundno aff
Yunhee Jeong, Muhammad Febrian Rachmadi, María Valdés Hernández, Taku Komura

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueBrain Tumor Detection and Classification
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesJanssen Alzheimer Immunotherapy Research And DevelopmentNational Institute on AgingNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchDirectorate for Biological SciencesNational Institutes of HealthGenentechIXICOLembaga Pengelola Dana PendidikanH. Lundbeck A/SServierEisaiJohnson and Johnson Pharmaceutical Research and DevelopmentMrs Gladys Row Fogo Charitable TrustNorthern California Institute for Research and EducationPfizerBiogenBioClinicaF. Hoffmann-La RocheBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilUniversity of Southern CaliforniaEli Lilly and CompanyU.S. Department of DefenseMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNovartis Pharmaceuticals CorporationBristol-Myers SquibbAlzheimer's AssociationFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésSegmentationHyperintensityArtificial intelligenceFluid-attenuated inversion recoveryContext (archaeology)Pattern recognition (psychology)Computer scienceMagnetic resonance imagingWhite matterImage segmentationMedicineRadiologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT White matter hyperintensities(WMH) appear as regions of abnormally high signal intensity on T2-weighted magnetic resonance image(MRI) sequences. In particular, WMH have been noteworthy in age-related neuroscience for being a crucial biomarker for Alzheimer’ s disease and brain aging processes. However, the automatic WMH segmentation is challenging because of the variable intensity range, size and shape. U-Net tackled this problem through the dense prediction and showed competitive performances on not only WMH segmentation/detection but also on varied image segmentation tasks, but it still accompanies a high complexity of the network architecture. In this study, we propose to use Saliency U-Net architecture and irregularity age map(IAM) to decrease the U-Net complexity without a performance loss. We trained Saliency U-Net using both T2-FLAIR MRI sequence and IAM. Since IAM guides where irregularities, in which WMH is possibly included, exist on the MRI slice, Saliency U-Net performs better than the original U-Net trained only using T2-FLAIR. The better performance was achieved with fewer parameters and shorter training time. Moreover, the application of dilated convolution enhanced Saliency U-Net to recognise the shape of large WMH more accurately by learning multi-context on MRI slices. This network named Dilated Saliency U-Net improved Dice coefficient score to 0.5588 which is the best score among our experimental models, and recorded a relatively good sensitivity of 0.4747 with the shortest train time and the least number of parameters. In conclusion, based on the experimental results, incorporating IAM through Dilated Saliency U-Net resulted an appropriate approach for WMH segmentation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,116
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,038
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,213 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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